In einer unbestimmten Zukunft hat Godzilla, König der Monster und Herrscher des Planeten, Kaijus, die Macht über die Menschen gewonnen. Eine Gruppe von Menschen wurde auserkoren, einen neuen Planeten zu finden, auf dem die letzten ihrer Art ein neues Zuhause finden können. Sollte das Vorhaben misslingen, wäre ihr einziger Ausweg, Godzilla zu besiegen.