In einem futuristischen Japan nach dem Ende eines brutalen Weltkriegs sind die Grenzen der Wissenschaft sprunghaft fortgeschritten und geben der Menschheit die Möglichkeit das Leben zu verlängern und reduzieren Leiden durch den Einsatz von hoch entwickelten Kybernetik. Mit allen Menschen verknüpft in einem System von Gedanken und Persönlichkeiten welches als Geist bekannt ist, ist die größte Bedrohung für die Menschheit der Cyber-Terroristen welcher fähig ist die Körper der Menschen und deren Erinnerungen zu übernehmen. Wenn ein Geist-infizierender Virus bekannt als Fire-Starter beginnt sich durch das System zu verbreiten was in der Ermordung des japanischen Premierministers endet werde Major Motoko Kusanagi und ihre Elite-Team von Spezial Agenten beauftragt dessen Herkunft zu ermitteln. Als sie sich tiefer und tiefer in ihre Ermittlungen vertiefen, entdecken sie Spuren von Korruption in der Regierung und einen Schatten Broker welcher ein allzu vertrautes Gesicht trägt.
