Optimus Prime, Bumblebee, Aarcee, Ratchet, Bulkhead und viele mehr sind zurück, um gegen Megatrons erneuten Versuch die Erde zu erobern anzukämpfen. Doch Megatron zeigt sich stärker als je zuvor, denn er hat ein seltenes Element erworben, welches ihm die Beherrschung über das Leben selbst erlaubt. Das "Team Prime" erscheint von geringer Größe gegenüber der Horde der Decepticons, doch sie erhalten unterstützende Kräfte durch das Bündnis mit drei menschlichen Teenagern.
